https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds搜索关键词“lung cancer ”（或者搜索“lung cancer normal”），限定表达谱数据集 * Expression profiling by array三部曲：题目，分组，注释信息需要下载的文件：探针矩阵series matrix；平台注释信息 Gene Symbol；group文件（将探针矩阵series matrix文件导入excel，选择“ID_REF”行以及“!Sample_description”行，整理数据形成group文件）建立项目文件夹GSE3268，移动三个文件到文件夹GSE3268中建立文件“探针矩阵转换为基因矩阵”，复制 探针矩阵series matrix；平台注释信息 Gene Symbol；以及代码文件“probe2symbol”将 探针矩阵series matrix文件导入到excel，删除多余信息，根据分组信息排列excel中的列，使得前五行为normal，后五行为tumor将平台注释信息 Gene Symbol文件导入excel，查看 Gene Symbol所在的行数11安装perl软件，打开代码文件“probe2symbol”，输入“11”运行，转换为“geneMatrix”文件，将探针表达矩阵转换为基因表达矩阵安转R语言以及R_Studio编辑器用R_Studio运行代码文件“limma_Pvalue”，考虑需要用到的package，文件，分析新的数据时需要改动什么代码需要用到代码是文件“limma_Pvalue”需要用到的文件是基因表达矩阵“geneMatrix”文件，需要将基因表达矩阵“geneMatrix”文件改名为代码中的命名“input.txt”，安装R包，bioconductor，具体代码可见代码文件“limma_Pvalue”的注释运行一个新的R代码文件，需要修改三个地方，设置新的工作路径（复制文件资源管理器中的代码，将单斜杠该为双斜杠）在代码文件“limma_Pvalue”中，是否需要取log，取决于基因表达矩阵中的数字的大小，如果是在10左右大小的，那么就没有必要取Log更改分组信息，class <- c(rep("nor",5),rep("Tumor",5)) 对照组和实验组各有多少个运行修改后的代码文件，得到结果文件，差异分析的结果diff，上调的结果up和下调的结果down,还能得到校正之后的基因的表达矩阵diffExp

11. 用R_Studio运行代码文件“pheatmap”，考虑需要用到的package，文件，分析新的数据时需要改动什么代码

文件，校正之后的基因的表达矩阵diffExp，分组信息group文件安装R包，#install.packages("pheatmap")修改代码文件，设置新的工作路径（复制文件资源管理器中的代码，将单斜杠该为双斜杠）修改是前10个还是前50个， rt=rt[1:10,] #选??前50??????运行代码文件“pheatmap”，得到基因热图

12. 基因的FoldChange定义为疾病样本的表达均值除以正常样本的表达均值。

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GPL https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GPL96​www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GPL96GSE https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE3268​www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE3268

信号通路了富集分析

R来完成表达芯片分析全流程 | 生信菜鸟团​www.bio-info-trainee.com/2087.html使用R语言完成表达芯片处理全流程视频上线 | 生信菜鸟团​www.bio-info-trainee.com/3146.html

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